«Gato con botas» se sitúa en el tiempo como la precuela de Shrek 2. Mucho tiempo antes de conocer a Shrek, el Gato con Botas emprendió un viaje aliándose con el ingenioso Humpty Dumpty y con la avispada Kitty Softpaws para robar el famoso ganso de los huevos de oro.
Rumpelstiltskin engaña a un Shrek agobiado por la crisis de la mediana edad para que se deje borrar de la existencia y sea trasladado a una oscura línea temporal alternativa en la que Rumpelstiltskin gobierna de forma suprema.
Designado a regañadientes como el heredero de la tierra de Muy Muy Lejano, Shrek urde un plan para instalar al rebelde Artie como el nuevo rey mientras la princesa Fiona trata de evitar un golpe de estado por parte del Príncipe Encantador.
Shrek y Fiona viajan al Reino de Muy Muy Lejano, donde los padres de Fiona son el Rey y la Reina, para celebrar su matrimonio. Cuando llegan, se dan cuenta de que no son tan bienvenidos como pensaban.
Un malvado lord exilia a las criaturas de cuentos de hadas al pantano de un ogro gruñón, que debe ir en busca y rescatar a una princesa para el lord con el fin de recuperar su tierra.